由健康小屋的发起初衷，慢性病防治和健康生活观念养成是其主要目的，因此，必须建立完善的健康档案管理系统，来跟踪居民的生理状况走向并给出相应的建议和措施，以达到防患于未然而非被动治病的目的。同时，居民的健康档案作为其个人在各级医疗机构就诊治疗时的重要资料，对医生在诊断病情时有很大的帮助。要达到以上目的，必须确保已经实现了电子健康档案标准化这一前提，因为只有保证了电子健康档案的标准化，才能实现这些健康信息在不同组织机构间的大范围传播和共享。
我国早在2009年就颁布了《健康档案基本架构与数据标准》，用以指导建立全国统一的、标准化的居民健康档案，但是现阶段，不同地区、不同机构各自所采用的系统中，健康档案的实现仍然不尽相同，因此，行业内应尽快统一健康档案标准，并将该数据标准纳入健康小屋系统之中。
